Кафедра патологической физиологии в Нижегородском медицинском институте была организована в 1930 году. До этого (с 1920 года), когда институт был медицинским факультетом Нижегородского университета, патофизиология вместе с патологической анатомией входила в состав кафедры общей патологии. Первым заведующим кафедрой патофизиологии была профессор Фаина Михайловна Супоницкая (1930-1941г.г.). Ф.М. Супоницкая вышла из школы профессора А.В. Репрева, поэтому научная проблематика А кафедры была посвящена вопросам реактивности организма и опухолевому росту. Научными исследованиями на кафедре в эти годы занимались не только сотрудники кафедры патофизиологии, но и сотрудники клинических кафедр, практические врачи. Под руководством профессора Ф.М. Супоницкой было выполнено и защищено 4 докторских и 10 кандидатских диссертаций.
В годы Великой Отечественной войны профессор Ф.М. Супоницкая была назначена начальником эвакогоспиталя и кафедру возглавила доцент Валентина Яковлевна Батунина (1941-1943г.г.), ученица Фаины Михайловны. В этот период на кафедре была проведена работа по изучению роли гуморальных факторов в патогенезе раневого истощения и влиянию сульфаниламидных препаратов на дыхание и гликолиз грануляционной ткани человека.
С 1943 года по 1951 год кафедрой заведовал профессор Яков Аронович Лазарис. Научное направление кафедры было коренным образом изменено. Основной научной тематикой стало: «Изучение патогенеза экспериментального (аллоксанового) диабета». Под руководством профессора Я.А. Лазариса было выполнено и успешно защищено 6 кандидатских диссертаций. В 1951 году профессор Я.А. Лазарис переехал в Караганду и на заведование кафедрой был приглашен из Москвы профессор Игорь Андреевич Пионтоковский (1951-1953). В последующие пять лет (1953-1957г.г.) обязанности заведующего кафедрой вновь исполняла доцент В.Я. Батунина, а с октября 1957 года по январь 1959 года возглавлял кафедру профессор Георгий Владимирович Пешковский, который совмещал заведование кафедрой с должностью заместителя директора института по науке. Являясь учеником И.Г. Савченко, профессор Г.В. Пешковский всю свою творческую жизнь посвятил изучению инфекционной патологии. В период его работы в г. Горьком исследования сотрудников кафедры были посвящены изучению патогенеза туберкулеза, «модель» которого была получена Г.В. Пешковским на собаках.
После скоропостижной смерти профессора Г.В. Пешковского (январь 1959г.) обязанности зав. кафедрой вновь стала исполнять доцент В.Я. Батунина, которая после защиты докторской диссертации в 1963 году была избрана на эту должность по конкурсу и заведовала кафедрой до ухода на пенсию в 1971 году. В.Я. Батунина продолжала исследования своего учителя профессора Ф.М. Супоницкой по изучению механизма действия канцерогенных веществ на организм экспериментальных животных. За эти годы под руководством В.Я. Батуниной выполнены 1 докторская и 4 кандидатских диссертации.
С 1971 года по 1976 год кафедрой заведовал профессор В.А. Сосенков, разрабатывая проблему «Механизмы эмоционального стресса». За эти годы защищены 1 докторская и 4 кандидатских диссертации.
В 1976 году в городе Горьком было создано городское отделение Всесоюзного научного общества патофизиологов, бессменным председателем которого является профессор Д.И. Рыжаков (он же неоднократно избирался членом правления Всесоюзного научного общества патофизиологов).
С 1977 года по 2007 год кафедру возглавлял профессор Дмитрий Иванович Рыжаков. Основное направление кафедры в это время - «Особенности гомеостаза организма при воздействии экстремальных факторов». Совместно с сотрудниками Центральной научно-исследовательской лаборатории академии (ЦНИЛ) (основателем и первым заведующим ЦНИЛ с 1971 по 1977г был проф. Д.И. Рыжаков) и кардиохирургами под руководством профессора Д.И. Рыжакова выполнен большой цикл экспериментальных и клинических работ по изучению патофизиологических механизмов действия на организм искусственной гипотермии.
По этой проблеме защищены 1 докторская (Д.И.Рыжаков, 1970 г., «Пересадка почки и сопутствующие изменения в крови реципиента») и 6 кандидатских диссертаций, проведены 2 республиканские конференции с публикацией сборников трудов, а также издана монография Д.И. Рыжакова и А.В. Молодюка «Почки при гипотермии» (Горький, 1981г.).
Коллектив, возглавляемый профессором Д.И Рыжаковым, занимался разработкой проблем: «трансплантология», «искусственная гипотермия», «репродуктология». По данным проблемам защищены 10 докторских и более 30 кандидатских диссертаций, опубликовано 10 монографий, 3 сборника научных работ и несколько сот статей в местной, российской и зарубежной печати. Под руководством лично профессора Д.И.Рыжакова выполнены и успешно защищены 6 докторских и 26 кандидатских диссертаций. По данным научным направлениям работали и работают доктора, мед.наук, профессора: Д.И.Рыжаков, И.Ф.Колпащикова, А.В.Молодюк, С.Б.Артифексов, В.Б.Зайцев, В.В.Паршиков, А.А.Артифексова, Т.Г.Погодина, Т.Е. Потёмина; кандидаты мед.наук: В.М.Рындин, Д.И.Макарова, Б.И.Сиротин, В.М.Сергеев, Б.Е.Кокоулин, Г.Б.Белецкая, Н.В.Муравьёва, В.Б.Можжухин, О.Н.Шевантаева, А.А Одинцов, С.В.Кузнецова и др.
Профессору Д.И. Рыжакову присвоены звания «Заслуженный деятель науки Российской федерации», «Почетный работник высшего образования России» и заслуженный профессор НижГМА. Он избран действительным членом Евроазиатской АМН и включен в энциклопедию «Лучшие люди России» (2005г), информационно-биографические справочники «Кто есть кто в Нижегородской области» (Н.Новгород, 1998, 2000 гг.) и «Интеллектуальная элита Нижегородской области 1918-1998 гг.» (Н.Новгород, 1998г), имеет 6 правительственных наград.
С 2008 г. коллектив кафедры возглавляет д.м.н. Потемина Татьяна Евгеньевна. В настоящее время комплексные исследования на кафедре патофизиологии проводятся по проблеме репродуктологии в плане изучения влияния на организм стрессовых факторов различного генеза.